U pojedinim dokumentima koja su i danas svima dostupna postoje određene nepravilnosti u vezi sa pisanjem imena Pupina (MIHAILO-MIHAJLO), ali i tačnim datumom i godinom njegovog rođenja.

Do dvojne upotrebe imena došlo je prvenstveno zbog toga što se ono u prvobitnom staroslovenskom obliku zapisano kao MIHAIL, tako da su jedno vreme u opticaju novog srpskohrvatskog pravopisa bile zastupljene obe opcije. Sam Pupin je u početku lično upotrebljavao oba oblika, a kasnije samo MIHAJLO, o čemu postoje dokazi u Muzeju Pupina u Idvoru, u Arhivu Srbije u Beogradu i kao i na drugim mestima. Stoga treba poštovati njegovu volju i upotrebljavati samo ime MIHAJLO na srpskom, odnosno MICHAEL na engleskom jeziku. Pridev u sklopu vlastitog imena IDVORSKI, odnosno početno slovo I, Pupin je sam dodao, te se i ta odluka poštuje prilikom pisanja.

Kao datumi rođenja Pupina navode se 27. septembar, 4. oktobar, a u novije vreme 8. i 9. oktobar, a kao godina rođenja 1854, 1857. i 1858. Do netačnosti u beleženju dana rođenja došlo je stoga što je u knjizi rođenih (protokol krštenih) koja se vodila u kancelariji matične crkvene opštine u Idvoru taj podatak zaveden prema starom, julijanskom kalendaru koji je u zvaničnoj upotrebi u Srpskoj pravoslavnoj crkvi. Zapisano je pod rednim brojem 237 da je “septembra 27, 1854. rođen, a oktobra 4, 1854. kršten Mihail, sin Konstantina Pupina i majke Olimpijade”. Pošto razlika izmešu starog (julijanskog) i novog (gregorijanskog) kalendara iznosi 12 dana, to znači da je Pupin rođen 9. oktobra 1854. godine prema novom kalendaru koji je uglavnom u upotrebi svuda u svetu.